মুঘল সাম্রাজ্য ১৫২৬ সালে বাবার রাজা বাবরে (বাবর) প্রতিষ্ঠা করেন; তিনি পাকিস্তান, পারস্য এবং অল্প কিছু ভারতীয় রাজ্যকে একত্রিত করে একটি শক্তিশালী সাম্রাজ্য গঠন করেন। তার শাসনকালে প্রশাসনিক কাঠামো, কর ব্যবস্থা এবং সামরিক নীতি আধুনিকীকরণে গুরুত্বপূর্ণ পদক্ষেপ নেওয়া হয়।
হুমায়ুন (১৫৩০‑১৫৫৬) ও আকবর (১৫৫৬‑১৬০৫) মুঘল সাম্রাজ্যের শীর্ষে পৌঁছান। আকবরের ‘দিভান-ই-ইকাম’ ও ‘আদিল-ই-শাহি’ ব্যবস্থা দেশের আর্থিক ও বিচারিক কাঠামোকে সুসংহত করে, পাশাপাশি ধর্মনিরপেক্ষ নীতি প্রয়োগে তিনি বিশিষ্ট।
শেকসেপের যুদ্ধ (১৭২১) ও অশরাফ উলমার শাসনকালে সাম্রাজ্য অবনতির পথে অগ্রসর হয়। তবে মুঘল শাসনের উত্তরাধিকার, যেমন দুর্গ, মসজিদ, শিল্পকলা ও ভাষা, বর্তমান ভারতীয় ও পাকিস্তানি সংস্কৃতিতে গভীর প্রভাব রেখেছে।